Если компиляция какого-либо пакета прервалась (например, в корневом разделе закончилось свободное место), то для то, чтобы не запускать её с самого начала, продолжить её можно так:

ebuild /usr/portage/app-emulation/virtualbox/virtualbox-4.3.14.ebuild compile

Эта команда выполнит все шаги до компиляции и саму компиляции. Если предшествующие шаги (распаковка, конфигурирование и т.д.) прошли успешно, то они просто игнорируются.

В целом же процесс установки пакета обычно включает такие шаги¹⁾: fetch, unpack, compile, install, qmerge. Если это ваш случай, все эти шаги целиком можно заменить одной командной - merge

ebuild /usr/portage/app-emulation/virtualbox/virtualbox-4.3.14.ebuild merge

Ebuild Functions

http://devmanual.gentoo.org/general-concepts/linguas/index.html

http://devmanual.gentoo.org/

The Basics of Autotools