WombatWiki

Користувальницькі налаштування

Налаштування сайту

Відвідано:
sage

Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

Посилання на цей список змін

Порівняння попередніх версійПопередня ревізія
Наступна ревізія		Попередня ревізія
sage [2014/01/03 14:30] – [Sage через прокси] опечатка wombatsage [2016/10/25 09:45] (поточний) – Дополнительные пакеты wombat
Рядок 1: Рядок 1:
 +====== Sage ======
  
 +Приёмы работы и некоторые готовые рецепты описаны [[sage_tricks | здесь]].
 +
 +====== Установка ======
 +
 +===== На своём компьютере =====
 +
 +==== Перед установкой ====
 +
 +Поскольку при запуске и использовании Sage на одном и том же (своём) компьютере нет нужды заботиться ни о шифровании передаваемых данных, ни о доступе к удалённой консоли, в которой происходит сборка, практически никакие дополнительные программы не нужны.
 +
 +Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
 +
 +  sudo apt-get install libpng12-dev
 +
 +//libpng// нужно для экспорта изображений в PNG-файлы в R.
 +
 +Создадим каталог, в который будем устанавливать Sage.
 +
 +  mkdir /home/username/sage
 +
 +Далее продолжить согласно разделу "Обновление"
 +
 +
 +==== Обновление ====
 +
 +**1.** Эвакуируем папку, в которой хранятся все рабочие листы нашего пользователя (///home/username/.sage//):
 +
 +  cd archive_catalog
 +  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/username/.sage
 +
 +Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". ''archive_catalog'' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
 +
 +**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
 +
 +**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]] и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала. 
 +
 +Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html
 +
 +  cd /home/username/sage
 +  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
 +
 +**4.** Распаковываем архив с исходниками:
 +
 +  tar -xvf sage-6.4.1.tar.gz
 +
 +где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
 +
 +**5.** Переходим в распакованный каталог:
 +
 +  cd sage-6.4.1/
 +
 +Для компиляции в 4 потока выполняем:
 +  export MAKE="make -j4"
 +
 +**6.** Запускаем сборку:
 +
 +  make
 +
 +В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления самого Sage, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
 +
 +===== Дополнительные пакеты =====
 +
 +==== Из коллекции Sage ====
 +
 +Sage содержит информацию о ряде пакетов, которые проверены на работоспособность в среде Sage и внесены в соответствующий список. Получить полный список таких пакетов можно следующим образом((http://doc.sagemath.org/html/en/reference/misc/sage/misc/package.html?highlight=list_packages)):
 +
 +  sage: from sage.misc.package import list_packages
 +  sage: list_packages()
 +
 +Список довольно велик, и чтобы отобразить только пакеты из определённого класса, можно указать аргумент этой функции:
 +
 +  sage: list_packages('standard')
 +  sage: list_packages('optional')
 +  sage: list_packages('experimental')
 +  sage: list_packages('pip')
 +
 +Пакеты всех классов, кроме ''pip'', устанавливаются следующим образом:
 +
 +  sage -i <имя_пакета>
 +
 +Пакеты из класса ''pip'', устанавливаются следующим образом:
 +
 +  sage -pip install <имя_пакета>
 +
 +=== chardet ===
 +
 +Библиотека [[https://github.com/chardet/chardet | chardet]] позволяет автоматически определять кодировку текстовых файлов и просматривать их в корректном виде. Поскольку этот пакет входит в списки Sage, но входит в класс ''pip'', устанавливаем его следующим образом:
 +
 +  sage -pip install chardet
 +
 +==== Пакеты R ====
 +
 +  sage: r.install_packages('tseriesChaos')
 +
 +==== Другие пакеты ====
 +
 +Если я правильно понимаю, ключевой приём такой:
 +    sage -python setup.py install
 +
 +Т.е. скачиваем пакет, распаковываем его куда-то. Заходим  в это "куда-то", но там вместо стандартного "''python setup.py install''" запускаем то, что написано выше. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно вместо "''python''" подставить "''sage -python''".
 +
 +=== mlpy ===
 +
 +http://mlpy.sourceforge.net/
 +
 +  wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/mlpy/mlpy 3.5.0/mlpy-3.5.0.tar.gz'
 +  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz
 +
 +В файле документации к этому пакету //docs/source/install.txt// написано так:
 +
 +  $ python setup.py install
 +
 +Стало быть, нужно делать так:
 +
 +  # sage -python setup.py install
 +
 +=== spectrum ===
 +
 +Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev:
 +
 +  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/e/easydev/easydev-0.6.12.tar.gz'
 +  tar xvf easydev-0.6.12.tar.gz
 +  cd easydev-0.6.12/
 +  /opt/sage/sage -python setup.py install
 +
 +  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/s/spectrum/spectrum-0.5.6.tar.gz'
 +  tar xvf spectrum-0.5.6.tar.gz
 +  cd spectrum-0.5.6
 +  /opt/sage/sage -python setup.py install
 +
 +Для пакетов, находящихся в PyPI, существует и такой способ установки:
 +
 +  /opt/sage/sage --python -m easy_install <имя_пакета>
 +
 +Однако, этот способ не заработал даже после установки pyopenssl:
 +
 +  /opt/sage/sage -i pyopenssl
 +
 +
 +
 +===== На удалённом сервере =====
 +
 +Установка на сервер отличается от установки на локальный компьютер тем, что:
 +  * Sage обычно устанавливается не в домашний каталог отдельного пользователя, а в //системный каталог//;
 +  * запускается такой сервер также не от имени какого-либо реального пользователя, а от имени некоторого системного, специально созданного //виртуального пользователя//;
 +  * от такого сервера обычно требуется //автоматический запуск//;
 +  * для безопасного доступа к такому серверу, необходима //поддержка протокола HTTPS//;
 +  * поскольку процесс компиляции может быть длительным, крайне желательно //работать через программу// ''screen''.
 +
 +==== Перед установкой ====
 +
 +Установим необходимые дополнительные библиотеки:
 +
 +Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
 +
 +  sudo apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen
 +
 +//OpenSSL// нужен для опции "secure" Sage Notebook'а. Работа по протоколу HTTPS.
 +
 +//libpng// нужно для R. Экспорт в PNG-файлы.
 +
 +//screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере, например, по SSH.
 +
 +Создадим группу и пользователя, от имени которых в дальнейшем будет запускаться Sage-сервер:
 +
 +  groupadd sagenb
 +  useradd -d /home/sagenb -g sagenb -m -s /usr/sbin/nologin sagenb
 +
 +Создадим каталог для общесистемной установки Sage:
 +
 +  sudo mkdir /opt/sage
 +
 +Далее выполняем то, что описано в разделе [[sage#Обновление1 |"Обновление"]].
 +
 +==== Обновление ====
 +
 +В случае подключения к удалённому компьютеру по SSH, после подключения запускаем
 +
 +  screen
 +
 +и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.
 +
 +**1.** Эвакуируем папку ''/home/sagenb/.sage''
 +
 +  cd archive_catalog
 +  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/sagenb/.sage
 +
 +Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". 'эarchive_catalogэ' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
 +
 +**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
 +
 +**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]]. 
 +
 +Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
 +
 +  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
 +
 +**4.** Распаковываем архив с исходниками:
 +
 +  cd /opt/sage
 +  sudo tar -xvf /path/to/downloaded/sage-6.4.1.tar.gz
 +
 +где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
 +
 +**5.** Переходим в распакованный каталог:
 +
 +  cd sage-5.5/
 +
 +Для компиляции в 4 потока выполняем:
 +  export MAKE="make -j4"
 +
 +**6.** Запускаем сборку:
 +
 +  make
 +или
 +  make ssl
 +для сборки с поддержкой OpenSSL
 +
 +**7.** Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то "отсоединяем" консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:
 +
 +  Ctrl+a d
 +Чтобы потом снова подключиться к запущенной сессии screen, нужно выполнить
 +  screen -r
 +В случае, если произошло "аварийное" отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана, а затем подключить к нашему:
 +  screen -dr
 +
 +**8.** Для удобства общесистемного использования Sage, удобно создать ссылку на его исполнимый файл в одном из каталогов, перечисленных в переменной окружения ''PATH''. Обычно подходит каталог ''/usr/local/bin/''. После успешной сборки Sage мы видим такое сообщение:
 +
 +  You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you
 +  want. If you copy the sage script or make a symbolic link to it, you
 +  should modify the script to reflect this (as instructed at the top of
 +  the script). It is best if the path to Sage does not have any spaces in
 +  it.
 +
 +Создаём символическую ссылку на исполнимый файл Sage:
 +
 +  ln -fs /opt/sage-5.5/sage /usr/local/bin/sage
 +
 +В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
 +
 +
 +==== Автозапуск ====
 +
 +Ниже приводится пример построения сценария автозапуска Sage-сервера для Debian или Ubuntu.
 +
 +Если Sage компилировали **без поддержки //OpenSSL//**, то опцию "secure" нужно выключить.
 +
 +  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'
 +  
 +в противном случае предпочтительно оставить её включённой:
 +
 +  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'
 +  
 +Здесь ''192.168.1.101'' -- сетевой адрес компьютера, на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой, т.е.
 +
 +  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
 +  
 +то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.
 +
 +<file bash sage>
 +#! /bin/sh
 +### BEGIN INIT INFO
 +# Provides:          skeleton
 +# Required-Start:    $remote_fs $syslog
 +# Required-Stop:     $remote_fs $syslog
 +# Default-Start:     2 3 4 5
 +# Default-Stop:      0 1 6
 +# Short-Description: Example initscript
 +# Description:       This file should be used to construct scripts to be
 +#                    placed in /etc/init.d.
 +### END INIT INFO
 +
 +# Author: Foo Bar <foobar@baz.org>
 +#
 +# Please remove the "Author" lines above and replace them
 +# with your own name if you copy and modify this script.
 +
 +# Do NOT "set -e"
 +
 +# PATH should only include /usr/* if it runs after the mountnfs.sh script
 +PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin
 +DESC="sage server at port 8000"
 +NAME=sage
 +DAEMON=/usr/local/bin/$NAME
 +###DAEMON=/usr/sbin/$NAME
 +##DAEMON_ARGS="--options args"
 +
 +# Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host.
 +#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'
 +#
 +# Listen on all interfaces with SSL encryption
 +DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
 +#
 +# Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only.
 +#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'
 +
 +USERNAME="sagenb"
 +GROUPNAME="sagenb"
 +
 +PIDFILE=/var/run/$NAME.pid
 +SCRIPTNAME=/etc/init.d/$NAME
 +
 +# Exit if the package is not installed
 +[ -x "$DAEMON" ] || exit 0
 +
 +# Read configuration variable file if it is present
 +
 +#  [ -r /etc/default/$NAME ] && . /etc/default/$NAME
 +
 +# Load the VERBOSE setting and other rcS variables
 +. /lib/init/vars.sh
 +
 +# Define LSB log_* functions.
 +# Depend on lsb-base (>= 3.0-6) to ensure that this file is present.
 +. /lib/lsb/init-functions
 +
 +#
 +# Function that starts the daemon/service
 +#
 +do_start()
 +{
 + # Return
 + #   0 if daemon has been started
 + #   1 if daemon was already running
 + #   2 if daemon could not be started
 + start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --exec $DAEMON --test > /dev/null \
 + || return 1
 + start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --background  --exec $DAEMON -- \
 + $DAEMON_ARGS \
 + || return 2
 + # Add code here, if necessary, that waits for the process to be ready
 + # to handle requests from services started subsequently which depend
 + # on this one.  As a last resort, sleep for some time.
 +}
 +
 +#
 +# Function that stops the daemon/service
 +#
 +do_stop()
 +{
 + # Return
 + #   0 if daemon has been stopped
 + #   1 if daemon was already stopped
 + #   2 if daemon could not be stopped
 + #   other if a failure occurred
 + start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --retry=TERM/30/KILL/5 
 + RETVAL="$?"
 + [ "$RETVAL" = 2 ] && return 2
 + # Wait for children to finish too if this is a daemon that forks
 + # and if the daemon is only ever run from this initscript.
 + # If the above conditions are not satisfied then add some other code
 + # that waits for the process to drop all resources that could be
 + # needed by services started subsequently.  A last resort is to
 + # sleep for some time.
 + start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --oknodo --retry=0/30/KILL/5 --exec $DAEMON
 + [ "$?" = 2 ] && return 2
 + # Many daemons don't delete their pidfiles when they exit.
 + rm -f $PIDFILE
 + return "$RETVAL"
 +}
 +
 +#
 +# Function that sends a SIGHUP to the daemon/service
 +#
 +do_reload() {
 + #
 + # If the daemon can reload its configuration without
 + # restarting (for example, when it is sent a SIGHUP),
 + # then implement that here.
 + #
 + start-stop-daemon --stop --signal 1 --quiet  --user $USERNAME:$GROUPNAME --pidfile $PIDFILE --name $NAME
 + return 0
 +}
 +
 +case "$1" in
 +  start)
 + [ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Starting $DESC" "$NAME"
 + do_start
 + case "$?" in
 + 0|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
 + 2) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
 + esac
 + ;;
 +  stop)
 + [ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Stopping $DESC" "$NAME"
 + do_stop
 + case "$?" in
 + 0|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
 + 2) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
 + esac
 + ;;
 +  status)
 +       status_of_proc "$DAEMON" "$NAME" && exit 0 || exit $?
 +       ;;
 +  #reload|force-reload)
 + #
 + # If do_reload() is not implemented then leave this commented out
 + # and leave 'force-reload' as an alias for 'restart'.
 + #
 + #log_daemon_msg "Reloading $DESC" "$NAME"
 + #do_reload
 + #log_end_msg $?
 + #;;
 +  restart|force-reload)
 + #
 + # If the "reload" option is implemented then remove the
 + # 'force-reload' alias
 + #
 + log_daemon_msg "Restarting $DESC" "$NAME"
 + do_stop
 + case "$?" in
 +   0|1)
 + do_start
 + case "$?" in
 + 0) log_end_msg 0 ;;
 + 1) log_end_msg 1 ;; # Old process is still running
 + *) log_end_msg 1 ;; # Failed to start
 + esac
 + ;;
 +   *)
 +   # Failed to stop
 + log_end_msg 1
 + ;;
 + esac
 + ;;
 +  *)
 + #echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|restart|reload|force-reload}" >&2
 + echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|status|restart|force-reload}" >&2
 + exit 3
 + ;;
 +esac
 +
 +:
 +
 +</file>
 +
 +==== После установки/обновления ====
 +
 +  /etc/init.d/sage restart
 +
 +==== Sage через прокси ====
 +
 +Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров, которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например, в 8000), можно настроить прокси-сервер, который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.
 +
 +Создадим для этого SSL-сертификат сервера((Самоподписанный сертификат по умолчанию не считается доверенным большинством программ, поэтому они будут выдавать запрос на его подтверждение. Можно получить доверенный SSL-сертификат для своего домена бесплатно -- см. [[https://letsencrypt.readthedocs.org/en/latest/intro.html | Let’s Encrypt ]])):
 +
 +  openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "sagenb.wombat.org.ua.crt" -keyout "sagenb.wombat.org.ua.key"
 +
 +Полученные файлы поместим в ''/etc/sagenb/certs/''
 +
 +=== Apache ===
 +
 +При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:
 +
 +<file conf /etc/apache2.conf>
 +<VirtualHost *:80>
 +   ServerName sagenb.wombat.org.ua
 +   Redirect permanent / https://sagenb.wombat.org.ua/
 +</VirtualHost>
 +
 +<VirtualHost *:443>
 +    ServerName sagenb.wombat.org.ua
 + 
 +    ProxyRequests off
 +#    SSLProxyEngine On
 +    SSLEngine on
 +    SSLCertificateFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.crt"
 +    SSLCertificateKeyFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.key
 + 
 +    <Proxy *>
 +        Order deny,allow
 +        Allow from all
 +    </Proxy>
 +    ProxyPass / http://localhost:8000/
 +    ProxyPassReverse / http://localhost:8000/
 +    ProxyPreserveHost on
 +</VirtualHost>
 +</file>
 +
 +Также нужно убедиться, что по умолчанию загружаются модули ''mod_proxy'', ''mod_ssl'' и ''mod_proxy_http''.
 +
 +====== Использование Sage ======
 +
 +== Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://sagemath.org/doc/tutorial/index.html | Sage Tutorial ]]
 +
 +[[http://freetonik.com/sage/tutorial/ | Русская версия учебного пособия Sage]]
 +
 +== SDSU Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://www-rohan.sdsu.edu/~mosulliv/Teaching/sdsu-sage-tutorial/ | SDSU Sage Tutorial]]
 +
 +== Books ==
 +
 +[[http://www.gregorybard.com/sage_for_undergraduates_color.pdf.zip | Sage for Undergraduates]]
 +
 +[[https://www.packtpub.com/hardware-and-creative/sage-beginners-guide | Sage Beginner's Guide by Craig Finch]]
 +
 +
 +== wikisage ==
 +
 +[[http://wikisage.ru/ | wikisage.ru]]
 +
 +
 +== William Stein courses ==
 +
 +[[http://wstein.org/courses/]]