Создаём папку, которая станет репозиторием:

mkdir uTox
cd uTox

Затем инициализируем её при помощи git. При этом создаётся вложенная подпапка .git.

git init

Можно также внести настройки владельца репозитория:

git config user.email "wombat@example.com"
git config user.name "Vladimir"

git clone https://github.com/v2e/uTox

git checkout <branch_name>

git merge --no-ff <another_branch_name>

Если при попытке слияния веток git выдаёт ошибку вида:

Automatic merge failed; fix conflicts and then commit the result.

То нужно устранить конфликты в содержимом конфликтующих файлов вручную, после чего повторить попытку слияния.

http://genomewiki.ucsc.edu/index.php/Resolving_merge_conflicts_in_Git#Common_questions_for_when_git_fails_during_the_merge

git add <edited_conflicting_file1>
git add <edited_conflicting_file2>
git commit
git merge --no-ff <another_branch_name>

git push origin <branch_name>