Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

--- 3dvisualization [2016/01/17 13:00] – створено wombat
+++ 3dvisualization [2016/01/19 09:09] (поточний) – [Использование] пояснение переменных wombat
@@ Рядок 1: / Рядок 1: @@
+====== Silomesh ======
+===== Установка =====
+Перед установкой silomesh необходимо произвести некоторые подготовительные действия. На разных системах они могут быть разные. Некоторые описаны ниже.
+==== В Ubuntu 14.04 (Trusty) ====
+  sudo apt-get install python-h5py python3-h5py
+Также требуется пакет ''libsiloh5-0'', но в Ubuntu 14.04 он собран с поддержкой MPI, а версия OpenMPI не поддерживает Fortran2003, который требуется для OpenMC. Поэтому для использования с OpenMC нужно пересобрать и пакет ''libsiloh5-0'' без поддержки MPI, чтобы использовать ''gfortran'', который имеет поддержку Fortran2003.
+  ~ $ apt-get source libsiloh5-0
+  ~ $ cd silo-llnl-4.8/
+  ~/silo-llnl-4.8 $ nano debian/rules
+Вместо nano можно использовать любой текстовый редактор. Находим и редактируем следующие строки, удаляя параметр ''-I$(MPI_INC)''
+<file bash rules>
+...
+#include /usr/share/mpi-default-dev/debian_defaults
+##ARCH_DEFAULT_MPI_IMPL=lam
+#MPI_INC=/usr/lib/$(ARCH_DEFAULT_MPI_IMPL)/include
+#
+#ifeq ($(ARCH_DEFAULT_MPI_IMPL),lam)
+#  CC:=mpicc.lam
+#else
+#  CC:=mpicc
+#endif
+...
+	LDFLAGS="$(LDFLAGS) -Wl,--as-needed" dh_auto_configure -- --enable-pythonmodule --enable-silex --with-qt=/usr --enable-pythonmodule --enable-silex --with-qt-bin=/usr/bin --with-qt-lib=/usr/lib  --with-qt-include=/usr/include/qt4 --with-hdf5=/usr/include,/usr/lib CPPFLAGS=" -I$(MPI_INC) $(CPPFLAGS)"  CC=$(CC)  CFLAGS="$(CFLAGS)"
+...
+			 --with-hdf5=/usr/include,/usr/lib PYTHON=$$p CPPFLAGS=" -I$(MPI_INC) $(CPPFLAGS)" CC=$(CC)  CFLAGS="$(CFLAGS)" ; \
+</file>
+  ~/silo-llnl-4.8 $ debuild -uc -us
+  ~/silo-llnl-4.8 $ cd ..
+  ~ $ sudo dpkg -i libsilo-bin_4.8-13build1_amd64.deb libsilo-dev_4.8-13build1_amd64.deb libsiloh5-0_4.8-13build1_amd64.deb python-silo_4.8-13build1_amd64.deb
+==== В Gentoo ====
+  emerge sci-libs/silo
+==== Пользовательская установка ====
+В данном случае предлагается устанавливать silomesh не общесистемно, а в домашний каталог пользователя. В таком случае не требуются права администратора (хотя, права администратора требуются для подготовительных действий, описанных выше).
+  git clone https://github.com/nhorelik/silomesh
+  cd silomesh/
+  python setup.py build
+  python setup.py install --prefix=/home/user/local/usr/
+Следует отметить, что в случае с Gentoo понадобилась такая последовательность команд:
+  python setup.py build_ext --libraries=stdc++
+  python setup.py build
+  python setup.py install --prefix=/home/user/local/usr/
+===== Использование =====
+Если silomesh был установлен в домашний каталог пользователя, как описано выше, то для использования этого модуля в своих программах на Python, нужно указать путь к этому модулю:
+<code python silomesh-use.py>
+import sys
+sys.path.append('/home/user/local/usr/lib/python2.7/site-packages/')
+import silomesh
+silomesh.init_silo("filename.silo")
+silomesh.init_mesh('Mesh1', *mesh.dimension, *mesh.lower_left, *mesh.upper_right)
+silomesh.init_var('Variable1')
+for x in range(1,nx+1):
+  for y in range(1,ny+1):
+    for z in range(1,nz+1):
+      silomesh.set_value(float(value),x,y,z)
+silomesh.finalize_var()
+silomesh.finalize_mesh()
+silomesh.finalize_silo()
+</code>
+При этом
+  * ''mesh.dimension'' -- это список числа ячеек сетки в трёх измерениях вида ''[nx, ny, nz]'';
+  * ''mesh.lower_left'' -- список координат нижнего левого угла трёхмерной сетки вида ''[x, y, z]'';
+  * ''mesh.upper_right'' -- список координат верхнего правого угла трёхмерной сетки вида ''[x, y, z]'';
+  * ''value'' -- значение измеряемой величины в данной ячейке сетки.
+====== Ссылки ======
 [[http://www.paraview.org/ | ParaView]]