Користувальницькькі налаштування

Налаштування сайту


sage

Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

Посилання на цей список змін

Both sides previous revision Попередня ревізія
Наступна ревізія
Попередня ревізія
sage [2014/07/08 23:38]
wombat [Apache]
sage [2016/10/25 12:45] (поточний)
wombat Дополнительные пакеты
Рядок 1: Рядок 1:
-===== Первичная установка ​=====+====== Sage ======
  
-Для Debian GNU/​Linux ​и Ubuntu+Приёмы работы и некоторые готовые рецепты описаны [[sage_tricks | здесь]].
  
-  apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen+====== Установка ======
  
-//OpenSSL// нужен для опции "​secure"​ Sage Notebook'​а. Работа по протоколу HTTPS.+===== На своём компьютере =====
  
-//libpng// нужно для R. Экспорт в PNG-файлы.+==== Перед ​установкой ​====
  
-//screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере, например, по SSH.+Поскольку при запуске и использовании Sage на одном ​и том же (своём) компьютере ​нет нужды заботиться ни о шифровании ​передаваемых данных,​ ни о доступе к удалённой консоли, ​в которой происходит сборкапрактически ​никакие дополнительные программы не нужны.
  
-  groupadd sagenb +Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
-  useradd -d /home/sagenb -g sagenb -m -s /​usr/​sbin/​nologin sagenb+
  
-===== Обновление =====+  sudo apt-get install libpng12-dev
  
-В случае работы ​на удалённом компьютере,​ подключаемся к нему ​по SSH, запускаем+//​libpng// ​нужно для ​экспорта изображений в PNG-файлы в R.
  
-  screen+Создадим каталог,​ в который будем устанавливать Sage.
  
-и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.+  mkdir /​home/​username/​sage
  
-Эвакуируем папку ///​home/​sagenb/​.sage//​+Далее продолжить согласно разделу "​Обновление"​
  
-  cd archive_catalog 
-  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /​home/​sagenb/​.sage 
  
-Вместо даты '​20120918',​ указанной в примере,​ разумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. '​archive_catalog'​ -- каталог, в котором будет создана резервная копия.+==== Обновление ====
  
-Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).+**1.** Эвакуируем папкув которой хранятся все рабочие листы нашего пользователя (///​home/​username/​.sage//​):
  
-Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]]+  cd archive_catalog 
 +  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz ​/home/username/.sage
  
-Например,​ с+Вместо даты ''​20120918'',​ указанной в примереразумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. ''​archive_catalog''​ -- каталог,​ в котором будет ​создана резервная копия.
  
-http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/​sage.math.washington.edu/​src/​index.html+**2.** Проверяем,​ достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
  
-или+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://​sagemath.org/​download-source.html|зеркал]] и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала. ​
  
-http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​index.html+Например,​ с http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/​sage.math.washington.edu/​src/​index.html или ​http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​index.html
  
-  wget -c http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​sage-5.5.tar +  ​cd /​home/​username/​sage 
-  md5sum sage-5.5.tar+  ​wget -c http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​sage-6.4.1.tar.gz 
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
  
-Сравниваем ​контрольную ​сумму ​с указанной на сайте зеркала, с которого был загружен архив.+**4.** Распаковываем ​архив ​с исходниками:
  
-Распаковываем архив с исходниками:​+  tar -xvf sage-6.4.1.tar.gz
  
-  cd /opt +где ''​sage-6.4.1.tar.gz''​ заменить на имя скачанного файла.
-  tar xvf sage-5.5.tar+
  
-где s//age-5.5.tar// заменить на имя ​скачанного файла.+**5.** Переходим в распакованный каталог:
  
-Переходим в распакованный каталог:​ +  ​cd sage-6.4.1/
- +
-  ​cd sage-5.5/+
  
 Для компиляции в 4 потока выполняем:​ Для компиляции в 4 потока выполняем:​
   export MAKE="​make -j4"   export MAKE="​make -j4"
  
-Запускаем сборку:​+**6.** ​Запускаем сборку:​
  
   make   make
-или 
-  make ssl 
-для сборки с поддержкой OpenSSL 
  
-Если ​всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то тсоединяем" консоль Screen от текущего экрана ​последовательным нажатием клавиш:+В случае ​использования пакетовне входящих в комплект поставки Sage, после обновления самого Sage, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
  
-  Ctrl+a d +===== Дополнительные пакеты =====
-Чтобы потом снова подключиться к запущенной сессии screen, нужно выполнить +
-  screen -r +
-В случае,​ если произошло "​аварийное" отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана,​ а затем подключить к нашему:​ +
-  screen -dr+
  
-  You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you +==== Из коллекции ​Sage ====
-  want. If you copy the sage script or make a symbolic link to it, you +
-  should modify the script to reflect this (as instructed at the top of +
-  the script). It is best if the path to Sage does not have any spaces in +
-  it.+
  
-Создаём символическую ссылку на исполнимый файл Sage:+Sage содержит информацию о ряде пакетов, которые проверены на работоспособность в среде Sage и внесены в соответствующий ​список. Получить полный ​список таких пакетов можно следующим образом((http://​doc.sagemath.org/​html/​en/​reference/​misc/​sage/​misc/​package.html?​highlight=list_packages)):
  
-  ​ln -fs /opt/sage-5.5/sage /​usr/​local/​bin/​sage+  sage: from sage.misc.package import list_packages 
 +  ​sage: list_packages()
  
-В случае ​использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-серверанеобходимо обновить также и [[sage#​Дополнительные ​пакетыополнительные пакеты]]. +Список довольно велики чтобы отобразить только пакеты ​из определённого класса, можно указать аргумент этой функции:​
-===== Дополнительные пакеты =====+
  
 +  sage: list_packages('​standard'​)
 +  sage: list_packages('​optional'​)
 +  sage: list_packages('​experimental'​)
 +  sage: list_packages('​pip'​)
  
-В общем, ​если я правильно понял, то ключевой приём такой+Пакеты всех классов, кроме ''​pip''​устанавливаются следующим образом
-    sage -python setup.py install+ 
 +  ​sage -i <​имя_пакета>​
  
-Т.е. качаешь пакет, распаковываешь его куда-то. Заходишь  в это "кудао", но там вместо стандартного "​python setup.py install"​ мутишь то, что я написал. Хотя, перед ​этим лучше прочесть README или INSTALL ​в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно всунуть "sage -python" ​вместо питона.+Пакеты из класса ''​pip'',​ устанавливаются следующим образом: 
 + 
 +  sage -pip install <​имя_пакета
 + 
 +=== chardet === 
 + 
 +Библиотека [[https://​github.com/​chardet/​chardet | chardet]] позволяет автоматически определять кодировку текстовых файлов и просматривать их в корректном виде. Поскольку этот пакет входит в списки Sage, но входит ​в класс ''​pip'', ​устанавливаем его следующим образом: 
 + 
 +  sage -pip install chardet
  
 ==== Пакеты R ==== ==== Пакеты R ====
Рядок 98: Рядок 96:
   sage: r.install_packages('​tseriesChaos'​)   sage: r.install_packages('​tseriesChaos'​)
  
-==== mlpy ====+==== Другие пакеты ​==== 
 + 
 +Если я правильно понимаю,​ ключевой приём такой:​ 
 +    sage -python setup.py install 
 + 
 +Т.е. скачиваем пакет, распаковываем его куда-то. Заходим ​ в это "​куда-то",​ но там вместо стандартного "''​python setup.py install''"​ запускаем то, что написано выше. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета,​ понимая,​ что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно вместо "''​python''"​ подставить "''​sage -python''"​. 
 + 
 +=== mlpy ===
  
 http://​mlpy.sourceforge.net/​ http://​mlpy.sourceforge.net/​
Рядок 113: Рядок 118:
   # sage -python setup.py install   # sage -python setup.py install
  
-==== spectrum ​====+=== spectrum ===
  
 Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev: Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev:
Рядок 135: Рядок 140:
   /​opt/​sage/​sage -i pyopenssl   /​opt/​sage/​sage -i pyopenssl
  
-===== Debian =====+ 
 + 
 +===== На удалённом сервере ===== 
 + 
 +Установка на сервер отличается от установки на локальный компьютер тем, что: 
 +  * Sage обычно устанавливается не в домашний каталог отдельного пользователя,​ а в //​системный каталог//;​ 
 +  * запускается такой сервер также не от имени какого-либо реального пользователя,​ а от имени некоторого системного,​ специально созданного //​виртуального пользователя//;​ 
 +  * от такого сервера обычно требуется //​автоматический запуск//;​ 
 +  * для безопасного доступа к такому серверу,​ необходима //​поддержка протокола HTTPS//; 
 +  * поскольку процесс компиляции может быть длительным,​ крайне желательно //​работать через программу//​ ''​screen''​. 
 + 
 +==== Перед установкой ==== 
 + 
 +Установим необходимые дополнительные библиотеки:​ 
 + 
 +Для ​Debian ​GNU/Linux и Ubuntu 
 + 
 +  sudo apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen 
 + 
 +//OpenSSL// нужен для опции "​secure"​ Sage Notebook'​а. Работа по протоколу HTTPS. 
 + 
 +//libpng// нужно для R. Экспорт в PNG-файлы. 
 + 
 +//screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере,​ например,​ по SSH. 
 + 
 +Создадим группу и пользователя,​ от имени которых в дальнейшем будет запускаться Sage-сервер:​ 
 + 
 +  groupadd sagenb 
 +  useradd -d /​home/​sagenb -g sagenb -m -s /​usr/​sbin/​nologin sagenb 
 + 
 +Создадим каталог для общесистемной установки Sage: 
 + 
 +  sudo mkdir /opt/sage 
 + 
 +Далее выполняем то, что описано в разделе [[sage#​Обновление1 |"​Обновление"​]]. 
 + 
 +==== Обновление ​==== 
 + 
 +В случае подключения к удалённому компьютеру по SSH, после подключения запускаем 
 + 
 +  screen 
 + 
 +и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке. 
 + 
 +**1.** Эвакуируем папку ''/​home/​sagenb/​.sage''​ 
 + 
 +  cd archive_catalog 
 +  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /​home/​sagenb/​.sage 
 + 
 +Вместо даты ''​20120918'',​ указанной в примере,​ разумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. '​эarchive_catalogэ'​ -- каталог,​ в котором будет создана резервная копия. 
 + 
 +**2.** Проверяем,​ достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ). 
 + 
 +**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://​sagemath.org/​download-source.html|зеркал]].  
 + 
 +Например,​ с http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/​sage.math.washington.edu/​src/​index.html или http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​index.html и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала. 
 + 
 +  wget -c http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​sage-6.4.1.tar.gz 
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz 
 + 
 +**4.** Распаковываем архив с исходниками:​ 
 + 
 +  cd /opt/sage 
 +  sudo tar -xvf /​path/​to/​downloaded/​sage-6.4.1.tar.gz 
 + 
 +где ''​sage-6.4.1.tar.gz''​ заменить на имя скачанного файла. 
 + 
 +**5.** Переходим в распакованный каталог:​ 
 + 
 +  cd sage-5.5/ 
 + 
 +Для компиляции в 4 потока выполняем:​ 
 +  export MAKE="​make -j4" 
 + 
 +**6.** Запускаем сборку:​ 
 + 
 +  make 
 +или 
 +  make ssl 
 +для сборки с поддержкой OpenSSL 
 + 
 +**7.** Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере,​ то "​отсоединяем"​ консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:​ 
 + 
 +  Ctrl+a d 
 +Чтобы потом снова подключиться к запущенной сессии screen, нужно выполнить 
 +  screen -r 
 +В случае,​ если произошло "​аварийное"​ отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана,​ а затем подключить к нашему:​ 
 +  screen -dr 
 + 
 +**8.** Для удобства общесистемного использования Sage, удобно создать ссылку на его исполнимый файл в одном из каталогов,​ перечисленных в переменной окружения ''​PATH''​. Обычно подходит каталог ''/​usr/​local/​bin/''​. После успешной сборки Sage мы видим такое сообщение:​ 
 + 
 +  You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you 
 +  want. If you copy the sage script or make a symbolic link to it, you 
 +  should modify the script to reflect this (as instructed at the top of 
 +  the script). It is best if the path to Sage does not have any spaces in 
 +  it. 
 + 
 +Создаём символическую ссылку на исполнимый файл Sage: 
 + 
 +  ln -fs /​opt/​sage-5.5/​sage /​usr/​local/​bin/​sage 
 + 
 +В случае использования пакетов,​ не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера,​ необходимо обновить также и [[sage#​Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]]. 
 + 
 + 
 +==== Автозапуск ==== 
 + 
 +Ниже приводится пример построения сценария автозапуска Sage-сервера для Debian или Ubuntu.
  
 Если Sage компилировали **без поддержки //​OpenSSL//​**,​ то опцию "​secure"​ нужно выключить. Если Sage компилировали **без поддержки //​OpenSSL//​**,​ то опцию "​secure"​ нужно выключить.
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'​
   ​   ​
 в противном случае предпочтительно оставить её включённой:​ в противном случае предпочтительно оставить её включённой:​
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'​
   ​   ​
-Здесь 192.168.1.101 -- сетевой адрес компьютера,​ на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой,​ т.е.+Здесь ​''​192.168.1.101'' ​-- сетевой адрес компьютера,​ на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой,​ т.е.
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​
   ​   ​
 то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера. то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.
Рядок 180: Рядок 291:
  
 # Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host. # Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host.
-#​DAEMON_ARGS='​-interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'​+#​DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'​
 # #
 # Listen on all interfaces with SSL encryption # Listen on all interfaces with SSL encryption
-DAEMON_ARGS='​-interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​+DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​
 # #
 # Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only. # Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only.
-#​DAEMON_ARGS='​-interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'​+#​DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'​
  
 USERNAME="​sagenb"​ USERNAME="​sagenb"​
Рядок 328: Рядок 439:
 </​file>​ </​file>​
  
-===== После установки/​обновления ​=====+==== После установки/​обновления ====
  
   /​etc/​init.d/​sage restart   /​etc/​init.d/​sage restart
  
-===== Sage через прокси ​=====+==== Sage через прокси ====
  
 Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров,​ которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например,​ в 8000), можно настроить прокси-сервер,​ который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу. Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров,​ которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например,​ в 8000), можно настроить прокси-сервер,​ который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.
  
-Создадим для этого SSL-сертификат сервера:​+Создадим для этого SSL-сертификат сервера((Самоподписанный сертификат по умолчанию не считается доверенным большинством программ,​ поэтому они будут выдавать запрос на его подтверждение. Можно получить доверенный SSL-сертификат для своего домена бесплатно -- см. [[https://​letsencrypt.readthedocs.org/​en/​latest/​intro.html | Let’s Encrypt ]])):
  
   openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "​sagenb.wombat.org.ua.crt"​ -keyout "​sagenb.wombat.org.ua.key"​   openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "​sagenb.wombat.org.ua.crt"​ -keyout "​sagenb.wombat.org.ua.key"​
Рядок 342: Рядок 453:
 Полученные файлы поместим в ''/​etc/​sagenb/​certs/''​ Полученные файлы поместим в ''/​etc/​sagenb/​certs/''​
  
-==== Apache ​====+=== Apache ===
  
 При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:​ При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:​
Рядок 373: Рядок 484:
 Также нужно убедиться,​ что по умолчанию загружаются модули ''​mod_proxy'',​ ''​mod_ssl''​ и ''​mod_proxy_http''​. Также нужно убедиться,​ что по умолчанию загружаются модули ''​mod_proxy'',​ ''​mod_ssl''​ и ''​mod_proxy_http''​.
  
 +====== Использование Sage ======
 +
 +== Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://​sagemath.org/​doc/​tutorial/​index.html | Sage Tutorial ]]
 +
 +[[http://​freetonik.com/​sage/​tutorial/​ | Русская версия учебного пособия Sage]]
 +
 +== SDSU Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://​www-rohan.sdsu.edu/​~mosulliv/​Teaching/​sdsu-sage-tutorial/​ | SDSU Sage Tutorial]]
 +
 +== Books ==
 +
 +[[http://​www.gregorybard.com/​sage_for_undergraduates_color.pdf.zip | Sage for Undergraduates]]
 +
 +[[https://​www.packtpub.com/​hardware-and-creative/​sage-beginners-guide | Sage Beginner'​s Guide by Craig Finch]]
 +
 +
 +== wikisage ==
 +
 +[[http://​wikisage.ru/​ | wikisage.ru]]
 +
 +
 +== William Stein courses ==
 +
 +[[http://​wstein.org/​courses/​]]
sage.1404851904.txt.bz2 · В останнє змінено: 2014/07/08 23:38 by wombat