Користувальницькькі налаштування

Налаштування сайту


sage

Це стара версія документу!


Первичная установка

Для Debian GNU/Linux и Ubuntu

apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen

OpenSSL нужен для опции “secure” Sage Notebook'а. Работа по протоколу HTTPS.

libpng нужно для R. Экспорт в PNG-файлы.

screen удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере, например, по SSH.

groupadd sagenb
useradd -d /home/sagenb -g sagenb -m -s /usr/sbin/nologin sagenb

Обновление

В случае работы на удалённом компьютере, подключаемся к нему по SSH, запускаем

screen

и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.

Эвакуируем папку /home/sagenb/.sage

cd archive_catalog
tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/sagenb/.sage

Вместо даты '20120918', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате “ГГГГММДД”. 'archive_catalog' – каталог, в котором будет создана резервная копия.

Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).

Загружаем архив свежей версии Sage с одного из зеркал.

Например, с

http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html

или

http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html

wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-5.5.tar
md5sum sage-5.5.tar

Сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала, с которого был загружен архив.

Распаковываем архив с исходниками:

cd /opt
tar xvf sage-5.5.tar

где sage-5.5.tar заменить на имя скачанного файла.

Переходим в распакованный каталог:

cd sage-5.5/

Для компиляции в 4 потока выполняем:

export MAKE="make -j4"

Запускаем сборку:

make

или

make ssl

для сборки с поддержкой OpenSSL

Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то “отсоединяем” консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:

Ctrl+a d

Чтобы потом снова подключиться к запущенной сессии screen, нужно выполнить

screen -r

В случае, если произошло “аварийное” отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана, а затем подключить к нашему:

screen -dr
You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you
want. If you copy the sage script or make a symbolic link to it, you
should modify the script to reflect this (as instructed at the top of
the script). It is best if the path to Sage does not have any spaces in
it.

Создаём символическую ссылку на исполнимый файл Sage:

ln -fs /opt/sage-5.5/sage /usr/local/bin/sage

В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера, необходимо обновить также и дополнительные пакеты.

Дополнительные пакеты

В общем, если я правильно понял, то ключевой приём такой:

  sage -python setup.py install

Т.е. качаешь пакет, распаковываешь его куда-то. Заходишь в это “куда-то”, но там вместо стандартного “python setup.py install” мутишь то, что я написал. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно всунуть “sage -python” вместо питона.

Пакеты R

sage: r.install_packages('tseriesChaos')

mlpy

http://mlpy.sourceforge.net/

wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/mlpy/mlpy 3.5.0/mlpy-3.5.0.tar.gz'
tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz

В файле документации к этому пакету docs/source/install.txt написано так:

$ python setup.py install

Стало быть, нужно делать так:

# sage -python setup.py install

spectrum

Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev:

wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/e/easydev/easydev-0.6.12.tar.gz'
tar xvf easydev-0.6.12.tar.gz
cd easydev-0.6.12/
/opt/sage/sage -python setup.py install
wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/s/spectrum/spectrum-0.5.6.tar.gz'
tar xvf spectrum-0.5.6.tar.gz
cd spectrum-0.5.6
/opt/sage/sage -python setup.py install

Для пакетов, находящихся в PyPI, существует и такой способ установки:

/opt/sage/sage --python -m easy_install <имя_пакета>

Однако, этот способ не заработал даже после установки pyopenssl:

/opt/sage/sage -i pyopenssl

Debian

Если Sage компилировали без поддержки OpenSSL, то опцию “secure” нужно выключить.

DAEMON_ARGS='-n interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'

в противном случае предпочтительно оставить её включённой:

DAEMON_ARGS='-n interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'

Здесь 192.168.1.101 – сетевой адрес компьютера, на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой, т.е.

DAEMON_ARGS='-n interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'

то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.

sage
#! /bin/sh
### BEGIN INIT INFO
# Provides:          skeleton
# Required-Start:    $remote_fs $syslog
# Required-Stop:     $remote_fs $syslog
# Default-Start:     2 3 4 5
# Default-Stop:      0 1 6
# Short-Description: Example initscript
# Description:       This file should be used to construct scripts to be
#                    placed in /etc/init.d.
### END INIT INFO
 
# Author: Foo Bar <foobar@baz.org>
#
# Please remove the "Author" lines above and replace them
# with your own name if you copy and modify this script.
 
# Do NOT "set -e"
 
# PATH should only include /usr/* if it runs after the mountnfs.sh script
PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin
DESC="sage server at port 8000"
NAME=sage
DAEMON=/usr/local/bin/$NAME
###DAEMON=/usr/sbin/$NAME
##DAEMON_ARGS="--options args"
 
# Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host.
#DAEMON_ARGS='-n interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'
#
# Listen on all interfaces with SSL encryption
DAEMON_ARGS='-n interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
#
# Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only.
#DAEMON_ARGS='-n interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'
 
USERNAME="sagenb"
GROUPNAME="sagenb"
 
PIDFILE=/var/run/$NAME.pid
SCRIPTNAME=/etc/init.d/$NAME
 
# Exit if the package is not installed
[ -x "$DAEMON" ] || exit 0
 
# Read configuration variable file if it is present
 
#  [ -r /etc/default/$NAME ] && . /etc/default/$NAME
 
# Load the VERBOSE setting and other rcS variables
. /lib/init/vars.sh
 
# Define LSB log_* functions.
# Depend on lsb-base (>= 3.0-6) to ensure that this file is present.
. /lib/lsb/init-functions
 
#
# Function that starts the daemon/service
#
do_start()
{
	# Return
	#   0 if daemon has been started
	#   1 if daemon was already running
	#   2 if daemon could not be started
	start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --exec $DAEMON --test > /dev/null \
		|| return 1
	start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --background  --exec $DAEMON -- \
		$DAEMON_ARGS \
		|| return 2
	# Add code here, if necessary, that waits for the process to be ready
	# to handle requests from services started subsequently which depend
	# on this one.  As a last resort, sleep for some time.
}
 
#
# Function that stops the daemon/service
#
do_stop()
{
	# Return
	#   0 if daemon has been stopped
	#   1 if daemon was already stopped
	#   2 if daemon could not be stopped
	#   other if a failure occurred
	start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --retry=TERM/30/KILL/5 
	RETVAL="$?"
	[ "$RETVAL" = 2 ] && return 2
	# Wait for children to finish too if this is a daemon that forks
	# and if the daemon is only ever run from this initscript.
	# If the above conditions are not satisfied then add some other code
	# that waits for the process to drop all resources that could be
	# needed by services started subsequently.  A last resort is to
	# sleep for some time.
	start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --oknodo --retry=0/30/KILL/5 --exec $DAEMON
	[ "$?" = 2 ] && return 2
	# Many daemons don't delete their pidfiles when they exit.
	rm -f $PIDFILE
	return "$RETVAL"
}
 
#
# Function that sends a SIGHUP to the daemon/service
#
do_reload() {
	#
	# If the daemon can reload its configuration without
	# restarting (for example, when it is sent a SIGHUP),
	# then implement that here.
	#
	start-stop-daemon --stop --signal 1 --quiet  --user $USERNAME:$GROUPNAME --pidfile $PIDFILE --name $NAME
	return 0
}
 
case "$1" in
  start)
	[ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Starting $DESC" "$NAME"
	do_start
	case "$?" in
		0|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
		2) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
	esac
	;;
  stop)
	[ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Stopping $DESC" "$NAME"
	do_stop
	case "$?" in
		0|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
		2) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
	esac
	;;
  status)
       status_of_proc "$DAEMON" "$NAME" && exit 0 || exit $?
       ;;
  #reload|force-reload)
	#
	# If do_reload() is not implemented then leave this commented out
	# and leave 'force-reload' as an alias for 'restart'.
	#
	#log_daemon_msg "Reloading $DESC" "$NAME"
	#do_reload
	#log_end_msg $?
	#;;
  restart|force-reload)
	#
	# If the "reload" option is implemented then remove the
	# 'force-reload' alias
	#
	log_daemon_msg "Restarting $DESC" "$NAME"
	do_stop
	case "$?" in
	  0|1)
		do_start
		case "$?" in
			0) log_end_msg 0 ;;
			1) log_end_msg 1 ;; # Old process is still running
			*) log_end_msg 1 ;; # Failed to start
		esac
		;;
	  *)
	  	# Failed to stop
		log_end_msg 1
		;;
	esac
	;;
  *)
	#echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|restart|reload|force-reload}" >&2
	echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|status|restart|force-reload}" >&2
	exit 3
	;;
esac
 
:

После установки/обновления

/etc/init.d/sage restart

Sage через прокси

Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров, которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например, в 8000), можно настроить прокси-сервер, который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.

Создадим для этого SSL-сертификат сервера:

openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "sagenb.wombat.org.ua.crt" -keyout "sagenb.wombat.org.ua.key"

Полученные файлы поместим в /etc/sagenb/certs/

Apache

При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:

/etc/apache2.conf
<VirtualHost *:80>
   ServerName sagenb.wombat.org.ua
   Redirect permanent / https://sagenb.wombat.org.ua
</VirtualHost>
 
<VirtualHost *:443>
    ServerName sagenb.wombat.org.ua
 
    ProxyRequests off
#    SSLProxyEngine On
    SSLEngine on
    SSLCertificateFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.crt"
    SSLCertificateKeyFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.key
 
    <Proxy *>
        Order deny,allow
        Allow from all
    </Proxy>
    ProxyPass / http://localhost:8000/
    ProxyPassReverse / http://localhost:8000/
    ProxyPreserveHost on
</VirtualHost>

Также нужно убедиться, что по умолчанию загружаются модули mod_proxy, mod_ssl и mod_proxy_http.

sage.1404850727.txt.bz2 · В останнє змінено: 2014/07/08 23:18 by wombat