Користувальницькькі налаштування

Налаштування сайту


sage

Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

Посилання на цей список змін

Both sides previous revision Попередня ревізія
Наступна ревізія
Попередня ревізія
sage [2014/06/30 00:58]
wombat [Первичная установка] command line corrected
sage [2016/10/25 12:45] (поточний)
wombat Дополнительные пакеты
Рядок 1: Рядок 1:
-===== Первичная установка =====+====== Sage ====== 
 + 
 +Приёмы работы и некоторые готовые рецепты описаны [[sage_tricks | здесь]]. 
 + 
 +====== Установка ====== 
 + 
 +===== На своём компьютере ===== 
 + 
 +==== Перед установкой ==== 
 + 
 +Поскольку при запуске и использовании Sage на одном и том же (своём) компьютере нет нужды заботиться ни о шифровании передаваемых данных,​ ни о доступе к удалённой консоли,​ в которой происходит сборка,​ практически ​никакие дополнительные программы не нужны. 
 + 
 +Для Debian GNU/Linux и Ubuntu 
 + 
 +  sudo apt-get install libpng12-dev 
 + 
 +//libpng// нужно для экспорта изображений в PNG-файлы в R. 
 + 
 +Создадим каталог, ​в который будем устанавливать Sage. 
 + 
 +  mkdir /​home/​username/​sage 
 + 
 +Далее продолжить согласно разделу "​Обновление"​ 
 + 
 + 
 +==== Обновление ​==== 
 + 
 +**1.** Эвакуируем папку, в которой хранятся все рабочие листы нашего пользователя (///​home/​username/​.sage//​):​ 
 + 
 +  cd archive_catalog 
 +  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /​home/​username/​.sage 
 + 
 +Вместо даты ''​20120918'',​ указанной в примере,​ разумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. ''​archive_catalog''​ -- каталог,​ в котором будет создана резервная копия. 
 + 
 +**2.** Проверяем,​ достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ). 
 + 
 +**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://​sagemath.org/​download-source.html|зеркал]] и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.  
 + 
 +Например,​ с http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/​sage.math.washington.edu/​src/​index.html или http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​index.html 
 + 
 +  cd /​home/​username/​sage 
 +  wget -c http://​sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​sage-6.4.1.tar.gz 
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz 
 + 
 +**4.** Распаковываем архив с исходниками:​ 
 + 
 +  tar -xvf sage-6.4.1.tar.gz 
 + 
 +где ''​sage-6.4.1.tar.gz''​ заменить на имя скачанного файла. 
 + 
 +**5.** Переходим в распакованный каталог:​ 
 + 
 +  cd sage-6.4.1/​ 
 + 
 +Для компиляции в 4 потока выполняем:​ 
 +  export MAKE="​make -j4" 
 + 
 +**6.** Запускаем сборку:​ 
 + 
 +  make 
 + 
 +В случае использования пакетов,​ не входящих в комплект поставки Sage, после обновления самого Sage, необходимо обновить также и [[sage#​Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]]. 
 + 
 +===== Дополнительные пакеты ===== 
 + 
 +==== Из коллекции Sage ==== 
 + 
 +Sage содержит информацию о ряде пакетов,​ которые проверены на работоспособность в среде Sage и внесены в соответствующий список. Получить полный список таких пакетов можно следующим образом((http://​doc.sagemath.org/​html/​en/​reference/​misc/​sage/​misc/​package.html?​highlight=list_packages)):​ 
 + 
 +  sage: from sage.misc.package import list_packages 
 +  sage: list_packages() 
 + 
 +Список довольно велик, и чтобы отобразить только пакеты из определённого класса,​ можно указать аргумент этой функции:​ 
 + 
 +  sage: list_packages('​standard'​) 
 +  sage: list_packages('​optional'​) 
 +  sage: list_packages('​experimental'​) 
 +  sage: list_packages('​pip'​) 
 + 
 +Пакеты всех классов,​ кроме ''​pip'',​ устанавливаются следующим образом:​ 
 + 
 +  sage -i <​имя_пакета>​ 
 + 
 +Пакеты из класса ''​pip'',​ устанавливаются следующим образом:​ 
 + 
 +  sage -pip install <​имя_пакета>​ 
 + 
 +=== chardet === 
 + 
 +Библиотека [[https://​github.com/​chardet/​chardet | chardet]] позволяет автоматически определять кодировку текстовых файлов и просматривать их в корректном виде. Поскольку этот пакет входит в списки Sage, но входит в класс ''​pip'',​ устанавливаем его следующим образом:​ 
 + 
 +  sage -pip install chardet 
 + 
 +==== Пакеты R ==== 
 + 
 +  sage: r.install_packages('​tseriesChaos'​) 
 + 
 +==== Другие пакеты ==== 
 + 
 +Если я правильно понимаю,​ ключевой приём такой:​ 
 +    sage -python setup.py install 
 + 
 +Т.е. скачиваем пакет, распаковываем его куда-то. Заходим ​ в это "​куда-то",​ но там вместо стандартного "''​python setup.py install''"​ запускаем то, что написано выше. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета,​ понимая,​ что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно вместо "''​python''"​ подставить "''​sage -python''"​. 
 + 
 +=== mlpy === 
 + 
 +http://​mlpy.sourceforge.net/​ 
 + 
 +  wget '​http://​downloads.sourceforge.net/​project/​mlpy/​mlpy 3.5.0/​mlpy-3.5.0.tar.gz'​ 
 +  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz 
 + 
 +В файле документации к этому пакету //​docs/​source/​install.txt//​ написано так: 
 + 
 +  $ python setup.py install 
 + 
 +Стало быть, нужно делать так: 
 + 
 +  # sage -python setup.py install 
 + 
 +=== spectrum === 
 + 
 +Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev: 
 + 
 +  wget -cS '​https://​pypi.python.org/​packages/​source/​e/​easydev/​easydev-0.6.12.tar.gz'​ 
 +  tar xvf easydev-0.6.12.tar.gz 
 +  cd easydev-0.6.12/​ 
 +  /​opt/​sage/​sage -python setup.py install 
 + 
 +  wget -cS '​https://​pypi.python.org/​packages/​source/​s/​spectrum/​spectrum-0.5.6.tar.gz'​ 
 +  tar xvf spectrum-0.5.6.tar.gz 
 +  cd spectrum-0.5.6 
 +  /​opt/​sage/​sage -python setup.py install 
 + 
 +Для пакетов,​ находящихся в PyPI, существует и такой способ установки:​ 
 + 
 +  /​opt/​sage/​sage --python -m easy_install <​имя_пакета>​ 
 + 
 +Однако,​ этот способ не заработал даже после установки pyopenssl:​ 
 + 
 +  /​opt/​sage/​sage -i pyopenssl 
 + 
 + 
 + 
 +===== На удалённом сервере ===== 
 + 
 +Установка на сервер отличается от установки на локальный компьютер тем, что: 
 +  * Sage обычно устанавливается не в домашний каталог отдельного пользователя,​ а в //​системный каталог//;​ 
 +  * запускается такой сервер также не от имени какого-либо реального пользователя,​ а от имени некоторого системного,​ специально созданного //​виртуального пользователя//;​ 
 +  * от такого сервера обычно требуется //​автоматический запуск//;​ 
 +  * для безопасного доступа к такому серверу,​ необходима //​поддержка протокола HTTPS//; 
 +  * поскольку процесс компиляции может быть длительным,​ крайне желательно //​работать через программу//​ ''​screen''​. 
 + 
 +==== Перед установкой ==== 
 + 
 +Установим необходимые дополнительные библиотеки:​
  
 Для Debian GNU/Linux и Ubuntu Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
  
-  apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen+  ​sudo apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen
  
 //OpenSSL// нужен для опции "​secure"​ Sage Notebook'​а. Работа по протоколу HTTPS. //OpenSSL// нужен для опции "​secure"​ Sage Notebook'​а. Работа по протоколу HTTPS.
Рядок 10: Рядок 164:
  
 //screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере,​ например,​ по SSH. //screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере,​ например,​ по SSH.
 +
 +Создадим группу и пользователя,​ от имени которых в дальнейшем будет запускаться Sage-сервер:​
  
   groupadd sagenb   groupadd sagenb
   useradd -d /​home/​sagenb -g sagenb -m -s /​usr/​sbin/​nologin sagenb   useradd -d /​home/​sagenb -g sagenb -m -s /​usr/​sbin/​nologin sagenb
  
-===== Обновление =====+Создадим каталог для общесистемной установки Sage:
  
-В случае работы на удалённом компьютере, подключаемся к нему по SSH, запускаем+  sudo mkdir /opt/sage 
 + 
 +Далее выполняем то, что описано в разделе [[sage#Обновление1 |"​Обновление"​]]. 
 + 
 +==== Обновление ==== 
 + 
 +В случае подключения к удалённому компьютеру по SSHпосле ​подключения запускаем
  
   screen   screen
Рядок 22: Рядок 184:
 и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке. и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.
  
-Эвакуируем папку ​///​home/​sagenb/​.sage//+**1.** ​Эвакуируем папку ​''​/​home/​sagenb/​.sage''​
  
   cd archive_catalog   cd archive_catalog
   tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /​home/​sagenb/​.sage   tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /​home/​sagenb/​.sage
  
-Вместо даты '​20120918',​ указанной в примере,​ разумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. '​archive_catalog'​ -- каталог,​ в котором будет создана резервная копия.+Вместо даты ​''​20120918'', указанной в примере,​ разумно указывать текущую дату в формате "​ГГГГММДД"​. 'эarchive_catalogэ' -- каталог,​ в котором будет создана резервная копия.
  
-Проверяем,​ достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ). +**2.** ​Проверяем,​ достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
- +
-Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://​sagemath.org/​download-source.html|зеркал]].  +
- +
-Например,​ с +
- +
-http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/​sage.math.washington.edu/​src/​index.html +
- +
-или+
  
-http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]]. ​
  
-  wget -c http://​sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-5.5.tar +Например,​ с http://​mirror.yandex.ru/​mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​index.html и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
-  md5sum sage-5.5.tar+
  
-Сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала,​ с которого был загружен архив.+  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/​src/​sage-6.4.1.tar.gz 
 +  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
  
-Распаковываем архив с исходниками:​+**4.** ​Распаковываем архив с исходниками:​
  
-  cd /opt +  cd /opt/sage 
-  tar xvf sage-5.5.tar+  ​sudo tar -xvf /​path/​to/​downloaded/​sage-6.4.1.tar.gz
  
-где ​s//age-5.5.tar// заменить на имя скачанного файла.+где ​''​sage-6.4.1.tar.gz'' ​заменить на имя скачанного файла.
  
-Переходим в распакованный каталог:​+**5.** ​Переходим в распакованный каталог:​
  
   cd sage-5.5/   cd sage-5.5/
Рядок 60: Рядок 214:
   export MAKE="​make -j4"   export MAKE="​make -j4"
  
-Запускаем сборку:​+**6.** ​Запускаем сборку:​
  
   make   make
Рядок 67: Рядок 221:
 для сборки с поддержкой OpenSSL для сборки с поддержкой OpenSSL
  
-Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере,​ то "​отсоединяем"​ консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:​+**7.** ​Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере,​ то "​отсоединяем"​ консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:​
  
   Ctrl+a d   Ctrl+a d
Рядок 74: Рядок 228:
 В случае,​ если произошло "​аварийное"​ отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана,​ а затем подключить к нашему:​ В случае,​ если произошло "​аварийное"​ отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана,​ а затем подключить к нашему:​
   screen -dr   screen -dr
 +
 +**8.** Для удобства общесистемного использования Sage, удобно создать ссылку на его исполнимый файл в одном из каталогов,​ перечисленных в переменной окружения ''​PATH''​. Обычно подходит каталог ''/​usr/​local/​bin/''​. После успешной сборки Sage мы видим такое сообщение:​
  
   You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you   You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you
Рядок 86: Рядок 242:
  
 В случае использования пакетов,​ не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера,​ необходимо обновить также и [[sage#​Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]]. В случае использования пакетов,​ не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера,​ необходимо обновить также и [[sage#​Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
-===== Дополнительные пакеты ===== 
  
  
-В общем, если я правильно понял, ​то ключевой ​приём такой: +==== Автозапуск ====
-    sage -python setup.py install+
  
-Т.е. качаешь ​пакет, ​распаковываешь его куда-то. Заходишь  ​в это "куда-то",​ но там вместо стандартного "​python setup.py install"​ мутишь то, что я написал. Хотяперед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета,​ понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно всунуть "​sage ​-python" ​вместо питона+Ниже приводится пример построения сценария автозапуска Sage-сервера для Debian ​или Ubuntu.
- +
-==== Пакеты R ==== +
- +
-  sage: r.install_packages('​tseriesChaos'​) +
- +
-==== mlpy ==== +
- +
-http://​mlpy.sourceforge.net/​ +
- +
-  wget '​http://​downloads.sourceforge.net/​project/​mlpy/​mlpy 3.5.0/​mlpy-3.5.0.tar.gz'​ +
-  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz +
- +
-В файле документации к этому пакету //​docs/​source/​install.txt// написано так: +
- +
-  $ python setup.py install +
- +
-Стало быть, нужно делать так: +
- +
-  # sage -python setup.py install +
- +
-===== Debian =====+
  
 Если Sage компилировали **без поддержки //​OpenSSL//​**,​ то опцию "​secure"​ нужно выключить. Если Sage компилировали **без поддержки //​OpenSSL//​**,​ то опцию "​secure"​ нужно выключить.
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'​
   ​   ​
 в противном случае предпочтительно оставить её включённой:​ в противном случае предпочтительно оставить её включённой:​
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'​
   ​   ​
-Здесь 192.168.1.101 -- сетевой адрес компьютера,​ на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой,​ т.е.+Здесь ​''​192.168.1.101'' ​-- сетевой адрес компьютера,​ на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой,​ т.е.
  
-  DAEMON_ARGS='​-interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​+  DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​
   ​   ​
 то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера. то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.
Рядок 156: Рядок 289:
 ###​DAEMON=/​usr/​sbin/​$NAME ###​DAEMON=/​usr/​sbin/​$NAME
 ##​DAEMON_ARGS="​--options args" ##​DAEMON_ARGS="​--options args"
-DAEMON_ARGS='​-interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​+ 
 +# Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host. 
 +#DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'​ 
 +
 +# Listen on all interfaces with SSL encryption 
 +DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb ​interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'​ 
 +
 +# Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only. 
 +#​DAEMON_ARGS='​--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'​ 
 USERNAME="​sagenb"​ USERNAME="​sagenb"​
 GROUPNAME="​sagenb"​ GROUPNAME="​sagenb"​
Рядок 297: Рядок 439:
 </​file>​ </​file>​
  
-===== После установки/​обновления ​=====+==== После установки/​обновления ====
  
   /​etc/​init.d/​sage restart   /​etc/​init.d/​sage restart
  
-===== Sage через прокси ​=====+==== Sage через прокси ====
  
 Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров,​ которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например,​ в 8000), можно настроить прокси-сервер,​ который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу. Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров,​ которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например,​ в 8000), можно настроить прокси-сервер,​ который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.
  
-Создадим для этого SSL-сертификат сервера:​+Создадим для этого SSL-сертификат сервера((Самоподписанный сертификат по умолчанию не считается доверенным большинством программ,​ поэтому они будут выдавать запрос на его подтверждение. Можно получить доверенный SSL-сертификат для своего домена бесплатно -- см. [[https://​letsencrypt.readthedocs.org/​en/​latest/​intro.html | Let’s Encrypt ]])):
  
   openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "​sagenb.wombat.org.ua.crt"​ -keyout "​sagenb.wombat.org.ua.key"​   openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "​sagenb.wombat.org.ua.crt"​ -keyout "​sagenb.wombat.org.ua.key"​
Рядок 311: Рядок 453:
 Полученные файлы поместим в ''/​etc/​sagenb/​certs/''​ Полученные файлы поместим в ''/​etc/​sagenb/​certs/''​
  
-==== Apache ​====+=== Apache ===
  
 При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:​ При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:​
  
 <file conf /​etc/​apache2.conf>​ <file conf /​etc/​apache2.conf>​
 +<​VirtualHost *:80>
 +   ​ServerName sagenb.wombat.org.ua
 +   ​Redirect permanent / https://​sagenb.wombat.org.ua/​
 +</​VirtualHost>​
  
-<​VirtualHost ​*:80 *:443>+<​VirtualHost *:443>
     ServerName sagenb.wombat.org.ua     ServerName sagenb.wombat.org.ua
-    ​+ 
     ProxyRequests off     ProxyRequests off
-    ​#​SSLProxyEngine On+   SSLProxyEngine On
     SSLEngine on     SSLEngine on
     SSLCertificateFile "/​etc/​sagenb/​certs/​sagenb.wombat.org.ua.crt"​     SSLCertificateFile "/​etc/​sagenb/​certs/​sagenb.wombat.org.ua.crt"​
Рядок 338: Рядок 484:
 Также нужно убедиться,​ что по умолчанию загружаются модули ''​mod_proxy'',​ ''​mod_ssl''​ и ''​mod_proxy_http''​. Также нужно убедиться,​ что по умолчанию загружаются модули ''​mod_proxy'',​ ''​mod_ssl''​ и ''​mod_proxy_http''​.
  
 +====== Использование Sage ======
 +
 +== Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://​sagemath.org/​doc/​tutorial/​index.html | Sage Tutorial ]]
 +
 +[[http://​freetonik.com/​sage/​tutorial/​ | Русская версия учебного пособия Sage]]
 +
 +== SDSU Sage Tutorial ==
 +
 +[[http://​www-rohan.sdsu.edu/​~mosulliv/​Teaching/​sdsu-sage-tutorial/​ | SDSU Sage Tutorial]]
 +
 +== Books ==
 +
 +[[http://​www.gregorybard.com/​sage_for_undergraduates_color.pdf.zip | Sage for Undergraduates]]
 +
 +[[https://​www.packtpub.com/​hardware-and-creative/​sage-beginners-guide | Sage Beginner'​s Guide by Craig Finch]]
 +
 +
 +== wikisage ==
 +
 +[[http://​wikisage.ru/​ | wikisage.ru]]
 +
 +
 +== William Stein courses ==
 +
 +[[http://​wstein.org/​courses/​]]
sage.1404079098.txt.bz2 · В останнє змінено: 2014/06/30 00:58 by wombat