Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

--- sage [2014/06/30 13:54]
wombat [Дополнительные пакеты] spectrum
+++ sage [2016/10/25 12:45] (поточний)
wombat Дополнительные пакеты
@@ Рядок 1: / Рядок 1: @@
-===== Первичная установка =====
+====== Sage ======
+Приёмы работы и некоторые готовые рецепты описаны [[sage_tricks | здесь]].
+====== Установка ======
+===== На своём компьютере =====
+==== Перед установкой ====
+Поскольку при запуске и использовании Sage на одном и том же (своём) компьютере нет нужды заботиться ни о шифровании передаваемых данных, ни о доступе к удалённой консоли, в которой происходит сборка, практически никакие дополнительные программы не нужны.
+Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
+  sudo apt-get install libpng12-dev
+//libpng// нужно для экспорта изображений в PNG-файлы в R.
+Создадим каталог, в который будем устанавливать Sage.
+  mkdir /home/username/sage
+Далее продолжить согласно разделу "Обновление"
+==== Обновление ====
+**1.** Эвакуируем папку, в которой хранятся все рабочие листы нашего пользователя (///home/username/.sage//):
+  cd archive_catalog
+  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/username/.sage
+Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". ''archive_catalog'' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
+**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]] и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
+Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html
+  cd /home/username/sage
+  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
+  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
+**4.** Распаковываем архив с исходниками:
+  tar -xvf sage-6.4.1.tar.gz
+где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
+**5.** Переходим в распакованный каталог:
+  cd sage-6.4.1/
+Для компиляции в 4 потока выполняем:
+  export MAKE="make -j4"
+**6.** Запускаем сборку:
+  make
+В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления самого Sage, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
+===== Дополнительные пакеты =====
+==== Из коллекции Sage ====
+Sage содержит информацию о ряде пакетов, которые проверены на работоспособность в среде Sage и внесены в соответствующий список. Получить полный список таких пакетов можно следующим образом((http://doc.sagemath.org/html/en/reference/misc/sage/misc/package.html?highlight=list_packages)):
+  sage: from sage.misc.package import list_packages
+  sage: list_packages()
+Список довольно велик, и чтобы отобразить только пакеты из определённого класса, можно указать аргумент этой функции:
+  sage: list_packages('standard')
+  sage: list_packages('optional')
+  sage: list_packages('experimental')
+  sage: list_packages('pip')
+Пакеты всех классов, кроме ''pip'', устанавливаются следующим образом:
+  sage -i <имя_пакета>
+Пакеты из класса ''pip'', устанавливаются следующим образом:
+  sage -pip install <имя_пакета>
+=== chardet ===
+Библиотека [[https://github.com/chardet/chardet | chardet]] позволяет автоматически определять кодировку текстовых файлов и просматривать их в корректном виде. Поскольку этот пакет входит в списки Sage, но входит в класс ''pip'', устанавливаем его следующим образом:
+  sage -pip install chardet
+==== Пакеты R ====
+  sage: r.install_packages('tseriesChaos')
+==== Другие пакеты ====
+Если я правильно понимаю, ключевой приём такой:
+    sage -python setup.py install
+Т.е. скачиваем пакет, распаковываем его куда-то. Заходим  в это "куда-то", но там вместо стандартного "''python setup.py install''" запускаем то, что написано выше. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно вместо "''python''" подставить "''sage -python''".
+=== mlpy ===
+http://mlpy.sourceforge.net/
+  wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/mlpy/mlpy 3.5.0/mlpy-3.5.0.tar.gz'
+  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz
+В файле документации к этому пакету //docs/source/install.txt// написано так:
+  $ python setup.py install
+Стало быть, нужно делать так:
+  # sage -python setup.py install
+=== spectrum ===
+Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev:
+  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/e/easydev/easydev-0.6.12.tar.gz'
+  tar xvf easydev-0.6.12.tar.gz
+  cd easydev-0.6.12/
+  /opt/sage/sage -python setup.py install
+  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/s/spectrum/spectrum-0.5.6.tar.gz'
+  tar xvf spectrum-0.5.6.tar.gz
+  cd spectrum-0.5.6
+  /opt/sage/sage -python setup.py install
+Для пакетов, находящихся в PyPI, существует и такой способ установки:
+  /opt/sage/sage --python -m easy_install <имя_пакета>
+Однако, этот способ не заработал даже после установки pyopenssl:
+  /opt/sage/sage -i pyopenssl
+===== На удалённом сервере =====
+Установка на сервер отличается от установки на локальный компьютер тем, что:
+  * Sage обычно устанавливается не в домашний каталог отдельного пользователя, а в //системный каталог//;
+  * запускается такой сервер также не от имени какого-либо реального пользователя, а от имени некоторого системного, специально созданного //виртуального пользователя//;
+  * от такого сервера обычно требуется //автоматический запуск//;
+  * для безопасного доступа к такому серверу, необходима //поддержка протокола HTTPS//;
+  * поскольку процесс компиляции может быть длительным, крайне желательно //работать через программу// ''screen''.
+==== Перед установкой ====
+Установим необходимые дополнительные библиотеки:
 Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
-  apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen
+  sudo apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen
 //OpenSSL// нужен для опции "secure" Sage Notebook'а. Работа по протоколу HTTPS.
@@ Рядок 10: / Рядок 164: @@
 //screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере, например, по SSH.
+Создадим группу и пользователя, от имени которых в дальнейшем будет запускаться Sage-сервер:
   groupadd sagenb
   useradd -d /home/sagenb -g sagenb -m -s /usr/sbin/nologin sagenb
-===== Обновление =====
+Создадим каталог для общесистемной установки Sage:
-В случае работы на удалённом компьютере, подключаемся к нему по SSH, запускаем
+  sudo mkdir /opt/sage
+Далее выполняем то, что описано в разделе [[sage#Обновление1 |"Обновление"]].
+==== Обновление ====
+В случае подключения к удалённому компьютеру по SSH, после подключения запускаем
   screen
@@ Рядок 22: / Рядок 184: @@
 и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.
-Эвакуируем папку ///home/sagenb/.sage//
+**1.** Эвакуируем папку ''/home/sagenb/.sage''
   cd archive_catalog
   tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/sagenb/.sage
-Вместо даты '20120918', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". 'archive_catalog' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
+Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". 'эarchive_catalogэ' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
-Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
+**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
-Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]].
-Например, с
-http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html
-или
-http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html
+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]].
-  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-5.5.tar
+Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
-  md5sum sage-5.5.tar
-Сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала, с которого был загружен архив.
+  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
+  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
-Распаковываем архив с исходниками:
+**4.** Распаковываем архив с исходниками:
-  cd /opt
+  cd /opt/sage
-  tar xvf sage-5.5.tar
+  sudo tar -xvf /path/to/downloaded/sage-6.4.1.tar.gz
-где s//age-5.5.tar// заменить на имя скачанного файла.
+где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
-Переходим в распакованный каталог:
+**5.** Переходим в распакованный каталог:
   cd sage-5.5/
@@ Рядок 60: / Рядок 214: @@
   export MAKE="make -j4"
-Запускаем сборку:
+**6.** Запускаем сборку:
   make
@@ Рядок 67: / Рядок 221: @@
 для сборки с поддержкой OpenSSL
-Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то "отсоединяем" консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:
+**7.** Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то "отсоединяем" консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:
   Ctrl+a d
@@ Рядок 74: / Рядок 228: @@
 В случае, если произошло "аварийное" отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана, а затем подключить к нашему:
   screen -dr
+**8.** Для удобства общесистемного использования Sage, удобно создать ссылку на его исполнимый файл в одном из каталогов, перечисленных в переменной окружения ''PATH''. Обычно подходит каталог ''/usr/local/bin/''. После успешной сборки Sage мы видим такое сообщение:
   You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you
@@ Рядок 86: / Рядок 242: @@
 В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
-===== Дополнительные пакеты =====
-В общем, если я правильно понял, то ключевой приём такой:
+==== Автозапуск ====
-    sage -python setup.py install
-Т.е. качаешь пакет, распаковываешь его куда-то. Заходишь  в это "куда-то", но там вместо стандартного "python setup.py install" мутишь то, что я написал. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно всунуть "sage -python" вместо питона.
+Ниже приводится пример построения сценария автозапуска Sage-сервера для Debian или Ubuntu.
-==== Пакеты R ====
-  sage: r.install_packages('tseriesChaos')
-==== mlpy ====
-http://mlpy.sourceforge.net/
-  wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/mlpy/mlpy 3.5.0/mlpy-3.5.0.tar.gz'
-  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz
-В файле документации к этому пакету //docs/source/install.txt// написано так:
-  $ python setup.py install
-Стало быть, нужно делать так:
-  # sage -python setup.py install
-==== spectrum ====
-===== Debian =====
 Если Sage компилировали **без поддержки //OpenSSL//**, то опцию "secure" нужно выключить.
-  DAEMON_ARGS='-n interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'
 в противном случае предпочтительно оставить её включённой:
-  DAEMON_ARGS='-n interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'
-Здесь 192.168.1.101 -- сетевой адрес компьютера, на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой, т.е.
+Здесь ''192.168.1.101'' -- сетевой адрес компьютера, на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой, т.е.
-  DAEMON_ARGS='-n interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
 то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.
@@ Рядок 157: / Рядок 289: @@
 ###DAEMON=/usr/sbin/$NAME
 ##DAEMON_ARGS="--options args"
-DAEMON_ARGS='-n interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
+# Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host.
+#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'
+#
+# Listen on all interfaces with SSL encryption
+DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
+#
+# Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only.
+#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'
 USERNAME="sagenb"
 GROUPNAME="sagenb"
@@ Рядок 298: / Рядок 439: @@
 </file>
-===== После установки/обновления =====
+==== После установки/обновления ====
   /etc/init.d/sage restart
-===== Sage через прокси =====
+==== Sage через прокси ====
 Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров, которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например, в 8000), можно настроить прокси-сервер, который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.
-Создадим для этого SSL-сертификат сервера:
+Создадим для этого SSL-сертификат сервера((Самоподписанный сертификат по умолчанию не считается доверенным большинством программ, поэтому они будут выдавать запрос на его подтверждение. Можно получить доверенный SSL-сертификат для своего домена бесплатно -- см. [[https://letsencrypt.readthedocs.org/en/latest/intro.html | Let’s Encrypt ]])):
   openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "sagenb.wombat.org.ua.crt" -keyout "sagenb.wombat.org.ua.key"
@@ Рядок 312: / Рядок 453: @@
 Полученные файлы поместим в ''/etc/sagenb/certs/''
-==== Apache ====
+=== Apache ===
 При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:
 <file conf /etc/apache2.conf>
+<VirtualHost *:80>
+   ServerName sagenb.wombat.org.ua
+   Redirect permanent / https://sagenb.wombat.org.ua/
+</VirtualHost>
-<VirtualHost *:80 *:443>
+<VirtualHost *:443>
     ServerName sagenb.wombat.org.ua
     ProxyRequests off
-    #SSLProxyEngine On
+#    SSLProxyEngine On
     SSLEngine on
     SSLCertificateFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.crt"
@@ Рядок 339: / Рядок 484: @@
 Также нужно убедиться, что по умолчанию загружаются модули ''mod_proxy'', ''mod_ssl'' и ''mod_proxy_http''.
+====== Использование Sage ======
+== Sage Tutorial ==
+[[http://sagemath.org/doc/tutorial/index.html | Sage Tutorial ]]
+[[http://freetonik.com/sage/tutorial/ | Русская версия учебного пособия Sage]]
+== SDSU Sage Tutorial ==
+[[http://www-rohan.sdsu.edu/~mosulliv/Teaching/sdsu-sage-tutorial/ | SDSU Sage Tutorial]]
+== Books ==
+[[http://www.gregorybard.com/sage_for_undergraduates_color.pdf.zip | Sage for Undergraduates]]
+[[https://www.packtpub.com/hardware-and-creative/sage-beginners-guide | Sage Beginner's Guide by Craig Finch]]
+== wikisage ==
+[[http://wikisage.ru/ | wikisage.ru]]
+== William Stein courses ==
+[[http://wstein.org/courses/]]

WombatWiki

Користувальницькькі налаштування

Налаштування сайту

Розбіжності

Налаштування сторінки