Розбіжності

Тут показані розбіжності між вибраною ревізією та поточною версією сторінки.

--- sage [2014/01/03 16:30]
wombat [Sage через прокси] опечатка
+++ sage [2016/10/25 12:06]
wombat [Обновление] опечатка
@@ Рядок 1: / Рядок 1: @@
+====== Sage ======
+Приёмы работы и некоторые готовые рецепты описаны [[sage_tricks | здесь]].
+====== Установка ======
+===== На своём компьютере =====
+==== Перед установкой ====
+Поскольку при запуске и использовании Sage на одном и том же (своём) компьютере нет нужды заботиться ни о шифровании передаваемых данных, ни о доступе к удалённой консоли, в которой происходит сборка, практически никакие дополнительные программы не нужны.
+Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
+  sudo apt-get install libpng12-dev
+//libpng// нужно для экспорта изображений в PNG-файлы в R.
+Создадим каталог, в который будем устанавливать Sage.
+  mkdir /home/username/sage
+Далее продолжить согласно разделу "Обновление"
+==== Обновление ====
+**1.** Эвакуируем папку, в которой хранятся все рабочие листы нашего пользователя (///home/username/.sage//):
+  cd archive_catalog
+  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/username/.sage
+Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". ''archive_catalog'' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
+**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]] и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
+Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html
+  cd /home/username/sage
+  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
+  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
+**4.** Распаковываем архив с исходниками:
+  tar -xvf sage-6.4.1.tar.gz
+где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
+**5.** Переходим в распакованный каталог:
+  cd sage-6.4.1/
+Для компиляции в 4 потока выполняем:
+  export MAKE="make -j4"
+**6.** Запускаем сборку:
+  make
+В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления самого Sage, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
+===== Дополнительные пакеты =====
+Если я правильно понимаю, ключевой приём такой:
+    sage -python setup.py install
+Т.е. скачиваем пакет, распаковываем его куда-то. Заходим  в это "куда-то", но там вместо стандартного "''python setup.py install''" запускаем то, что написано выше. Хотя, перед этим лучше прочесть README или INSTALL в самом архиве пакета, понимая, что когда попадётся там команда типа приведённой выше, нужно вместо "''python''" подставить "''sage -python''".
+==== Пакеты R ====
+  sage: r.install_packages('tseriesChaos')
+==== mlpy ====
+http://mlpy.sourceforge.net/
+  wget 'http://downloads.sourceforge.net/project/mlpy/mlpy 3.5.0/mlpy-3.5.0.tar.gz'
+  tar xvf mlpy-3.5.0.tar.gz
+В файле документации к этому пакету //docs/source/install.txt// написано так:
+  $ python setup.py install
+Стало быть, нужно делать так:
+  # sage -python setup.py install
+==== spectrum ====
+Для установки пакета spectrum потребовалось предварительно установить пакет easydev:
+  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/e/easydev/easydev-0.6.12.tar.gz'
+  tar xvf easydev-0.6.12.tar.gz
+  cd easydev-0.6.12/
+  /opt/sage/sage -python setup.py install
+  wget -cS 'https://pypi.python.org/packages/source/s/spectrum/spectrum-0.5.6.tar.gz'
+  tar xvf spectrum-0.5.6.tar.gz
+  cd spectrum-0.5.6
+  /opt/sage/sage -python setup.py install
+Для пакетов, находящихся в PyPI, существует и такой способ установки:
+  /opt/sage/sage --python -m easy_install <имя_пакета>
+Однако, этот способ не заработал даже после установки pyopenssl:
+  /opt/sage/sage -i pyopenssl
+===== На удалённом сервере =====
+Установка на сервер отличается от установки на локальный компьютер тем, что:
+  * Sage обычно устанавливается не в домашний каталог отдельного пользователя, а в //системный каталог//;
+  * запускается такой сервер также не от имени какого-либо реального пользователя, а от имени некоторого системного, специально созданного //виртуального пользователя//;
+  * от такого сервера обычно требуется //автоматический запуск//;
+  * для безопасного доступа к такому серверу, необходима //поддержка протокола HTTPS//;
+  * поскольку процесс компиляции может быть длительным, крайне желательно //работать через программу// ''screen''.
+==== Перед установкой ====
+Установим необходимые дополнительные библиотеки:
+Для Debian GNU/Linux и Ubuntu
+  sudo apt-get install openssl libssl-dev libpng12-dev screen
+//OpenSSL// нужен для опции "secure" Sage Notebook'а. Работа по протоколу HTTPS.
+//libpng// нужно для R. Экспорт в PNG-файлы.
+//screen// удобен для выполнения длительных операций на удалённом сервере, например, по SSH.
+Создадим группу и пользователя, от имени которых в дальнейшем будет запускаться Sage-сервер:
+  groupadd sagenb
+  useradd -d /home/sagenb -g sagenb -m -s /usr/sbin/nologin sagenb
+Создадим каталог для общесистемной установки Sage:
+  sudo mkdir /opt/sage
+Далее выполняем то, что описано в разделе [[sage#Обновление1 |"Обновление"]].
+==== Обновление ====
+В случае подключения к удалённому компьютеру по SSH, после подключения запускаем
+  screen
+и все дальнейшие команды выполняем в его командной строке.
+**1.** Эвакуируем папку ''/home/sagenb/.sage''
+  cd archive_catalog
+  tar -cvJf sage_home_backup-20120918.tar.xz /home/sagenb/.sage
+Вместо даты ''20120918'', указанной в примере, разумно указывать текущую дату в формате "ГГГГММДД". 'эarchive_catalogэ' -- каталог, в котором будет создана резервная копия.
+**2.** Проверяем, достаточно ли свободного места на диске (потребуется около 3,5 ГБ).
+**3.** Загружаем архив свежей версии Sage с одного из [[http://sagemath.org/download-source.html|зеркал]].
+Например, с http://mirror.yandex.ru/mirrors/sage.math.washington.edu/src/index.html или http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/index.html и сравниваем контрольную сумму с указанной на сайте зеркала.
+  wget -c http://sage.igor.onlinedirect.bg/src/sage-6.4.1.tar.gz
+  md5sum sage-6.4.1.tar.gz
+**4.** Распаковываем архив с исходниками:
+  cd /opt/sage
+  sudo tar -xvf /path/to/downloaded/sage-6.4.1.tar.gz
+где ''sage-6.4.1.tar.gz'' заменить на имя скачанного файла.
+**5.** Переходим в распакованный каталог:
+  cd sage-5.5/
+Для компиляции в 4 потока выполняем:
+  export MAKE="make -j4"
+**6.** Запускаем сборку:
+  make
+или
+  make ssl
+для сборки с поддержкой OpenSSL
+**7.** Если всё это выполняется в GNU Screen на удалённом компьютере, то "отсоединяем" консоль Screen от текущего экрана последовательным нажатием клавиш:
+  Ctrl+a d
+Чтобы потом снова подключиться к запущенной сессии screen, нужно выполнить
+  screen -r
+В случае, если произошло "аварийное" отключение от сессии screen, его нужно сперва отключить от несуществующего более экрана, а затем подключить к нашему:
+  screen -dr
+**8.** Для удобства общесистемного использования Sage, удобно создать ссылку на его исполнимый файл в одном из каталогов, перечисленных в переменной окружения ''PATH''. Обычно подходит каталог ''/usr/local/bin/''. После успешной сборки Sage мы видим такое сообщение:
+  You *should* be able to move the sage-x.y.z/ directory anywhere you
+  want. If you copy the sage script or make a symbolic link to it, you
+  should modify the script to reflect this (as instructed at the top of
+  the script). It is best if the path to Sage does not have any spaces in
+  it.
+Создаём символическую ссылку на исполнимый файл Sage:
+  ln -fs /opt/sage-5.5/sage /usr/local/bin/sage
+В случае использования пакетов, не входящих в комплект поставки Sage, после обновления Sage-сервера, необходимо обновить также и [[sage#Дополнительные пакеты|дополнительные пакеты]].
+==== Автозапуск ====
+Ниже приводится пример построения сценария автозапуска Sage-сервера для Debian или Ubuntu.
+Если Sage компилировали **без поддержки //OpenSSL//**, то опцию "secure" нужно выключить.
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=False automatic_login=False'
+в противном случае предпочтительно оставить её включённой:
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=192.168.1.101 port=8000 secure=True automatic_login=False'
+Здесь ''192.168.1.101'' -- сетевой адрес компьютера, на котором будет работать Sage Notebook сервер. Если оставить строку адреса пустой, т.е.
+  DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
+то Sage Notebook сервер должен работать на всех сетевых интерфейсах компьютера.
+<file bash sage>
+#! /bin/sh
+### BEGIN INIT INFO
+# Provides:          skeleton
+# Required-Start:    $remote_fs $syslog
+# Required-Stop:     $remote_fs $syslog
+# Default-Start:     2 3 4 5
+# Default-Stop:      0 1 6
+# Short-Description: Example initscript
+# Description:       This file should be used to construct scripts to be
+#                    placed in /etc/init.d.
+### END INIT INFO
+# Author: Foo Bar <foobar@baz.org>
+#
+# Please remove the "Author" lines above and replace them
+# with your own name if you copy and modify this script.
+# Do NOT "set -e"
+# PATH should only include /usr/* if it runs after the mountnfs.sh script
+PATH=/sbin:/usr/sbin:/bin:/usr/bin
+DESC="sage server at port 8000"
+NAME=sage
+DAEMON=/usr/local/bin/$NAME
+###DAEMON=/usr/sbin/$NAME
+##DAEMON_ARGS="--options args"
+# Listen on localhost only. Useful for accessing through the HTTP proxy on the same host.
+#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface=localhost port=8000 secure=False automatic_login=False'
+#
+# Listen on all interfaces with SSL encryption
+DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=True automatic_login=False'
+#
+# Listen on all interfaces without SSL (DANGEROUS!!!). For testing purposes only.
+#DAEMON_ARGS='--notebook=sagenb interface= port=8000 secure=False automatic_login=False'
+USERNAME="sagenb"
+GROUPNAME="sagenb"
+PIDFILE=/var/run/$NAME.pid
+SCRIPTNAME=/etc/init.d/$NAME
+# Exit if the package is not installed
+[ -x "$DAEMON" ] || exit 0
+# Read configuration variable file if it is present
+#  [ -r /etc/default/$NAME ] && . /etc/default/$NAME
+# Load the VERBOSE setting and other rcS variables
+. /lib/init/vars.sh
+# Define LSB log_* functions.
+# Depend on lsb-base (>= 3.0-6) to ensure that this file is present.
+. /lib/lsb/init-functions
+#
+# Function that starts the daemon/service
+#
+do_start()
+{
+	# Return
+	#   0 if daemon has been started
+	#   1 if daemon was already running
+	#   2 if daemon could not be started
+	start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --exec $DAEMON --test > /dev/null \
+		|| return 1
+	start-stop-daemon --start -c sagenb:sagenb --pidfile $PIDFILE --make-pidfile --background  --exec $DAEMON -- \
+		$DAEMON_ARGS \
+		|| return 2
+	# Add code here, if necessary, that waits for the process to be ready
+	# to handle requests from services started subsequently which depend
+	# on this one.  As a last resort, sleep for some time.
+}
+#
+# Function that stops the daemon/service
+#
+do_stop()
+{
+	# Return
+	#   0 if daemon has been stopped
+	#   1 if daemon was already stopped
+	#   2 if daemon could not be stopped
+	#   other if a failure occurred
+	start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --retry=TERM/30/KILL/5
+	RETVAL="$?"
+	[ "$RETVAL" = 2 ] && return 2
+	# Wait for children to finish too if this is a daemon that forks
+	# and if the daemon is only ever run from this initscript.
+	# If the above conditions are not satisfied then add some other code
+	# that waits for the process to drop all resources that could be
+	# needed by services started subsequently.  A last resort is to
+	# sleep for some time.
+	start-stop-daemon --stop --quiet  --user $USERNAME --oknodo --retry=0/30/KILL/5 --exec $DAEMON
+	[ "$?" = 2 ] && return 2
+	# Many daemons don't delete their pidfiles when they exit.
+	rm -f $PIDFILE
+	return "$RETVAL"
+}
+#
+# Function that sends a SIGHUP to the daemon/service
+#
+do_reload() {
+	#
+	# If the daemon can reload its configuration without
+	# restarting (for example, when it is sent a SIGHUP),
+	# then implement that here.
+	#
+	start-stop-daemon --stop --signal 1 --quiet  --user $USERNAME:$GROUPNAME --pidfile $PIDFILE --name $NAME
+	return 0
+}
+case "$1" in
+  start)
+	[ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Starting $DESC" "$NAME"
+	do_start
+	case "$?" in
+|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
+) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
+	esac
+	;;
+  stop)
+	[ "$VERBOSE" != no ] && log_daemon_msg "Stopping $DESC" "$NAME"
+	do_stop
+	case "$?" in
+|1) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 0 ;;
+) [ "$VERBOSE" != no ] && log_end_msg 1 ;;
+	esac
+	;;
+  status)
+       status_of_proc "$DAEMON" "$NAME" && exit 0 || exit $?
+       ;;
+  #reload|force-reload)
+	#
+	# If do_reload() is not implemented then leave this commented out
+	# and leave 'force-reload' as an alias for 'restart'.
+	#
+	#log_daemon_msg "Reloading $DESC" "$NAME"
+	#do_reload
+	#log_end_msg $?
+	#;;
+  restart|force-reload)
+	#
+	# If the "reload" option is implemented then remove the
+	# 'force-reload' alias
+	#
+	log_daemon_msg "Restarting $DESC" "$NAME"
+	do_stop
+	case "$?" in
+|1)
+		do_start
+		case "$?" in
+) log_end_msg 0 ;;
+) log_end_msg 1 ;; # Old process is still running
+			*) log_end_msg 1 ;; # Failed to start
+		esac
+		;;
+	  *)
+	  	# Failed to stop
+		log_end_msg 1
+		;;
+	esac
+	;;
+  *)
+	#echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|restart|reload|force-reload}" >&2
+	echo "Usage: $SCRIPTNAME {start|stop|status|restart|force-reload}" >&2
+	exit 3
+	;;
+esac
+:
+</file>
+==== После установки/обновления ====
+  /etc/init.d/sage restart
+==== Sage через прокси ====
+Чтобы иметь доступ к Sage-серверу с компьютеров, которым не разрешены соединения в нестандартные порты (например, в 8000), можно настроить прокси-сервер, который будет ожидать соединения на 80-м порту (в случае HTTP) или на 443-м порту (в случае HTTPS) и перенаправлять их запущенному Sage-серверу.
+Создадим для этого SSL-сертификат сервера((Самоподписанный сертификат по умолчанию не считается доверенным большинством программ, поэтому они будут выдавать запрос на его подтверждение. Можно получить доверенный SSL-сертификат для своего домена бесплатно -- см. [[https://letsencrypt.readthedocs.org/en/latest/intro.html | Let’s Encrypt ]])):
+  openssl req -new -x509 -days 365 -nodes -out "sagenb.wombat.org.ua.crt" -keyout "sagenb.wombat.org.ua.key"
+Полученные файлы поместим в ''/etc/sagenb/certs/''
+=== Apache ===
+При использовании веб-сервера Apache, необходимо в его файле конфигурации указать следующее:
+<file conf /etc/apache2.conf>
+<VirtualHost *:80>
+   ServerName sagenb.wombat.org.ua
+   Redirect permanent / https://sagenb.wombat.org.ua/
+</VirtualHost>
+<VirtualHost *:443>
+    ServerName sagenb.wombat.org.ua
+    ProxyRequests off
+#    SSLProxyEngine On
+    SSLEngine on
+    SSLCertificateFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.crt"
+    SSLCertificateKeyFile "/etc/sagenb/certs/sagenb.wombat.org.ua.key
+    <Proxy *>
+        Order deny,allow
+        Allow from all
+    </Proxy>
+    ProxyPass / http://localhost:8000/
+    ProxyPassReverse / http://localhost:8000/
+    ProxyPreserveHost on
+</VirtualHost>
+</file>
+Также нужно убедиться, что по умолчанию загружаются модули ''mod_proxy'', ''mod_ssl'' и ''mod_proxy_http''.
+====== Использование Sage ======
+== Sage Tutorial ==
+[[http://sagemath.org/doc/tutorial/index.html | Sage Tutorial ]]
+[[http://freetonik.com/sage/tutorial/ | Русская версия учебного пособия Sage]]
+== SDSU Sage Tutorial ==
+[[http://www-rohan.sdsu.edu/~mosulliv/Teaching/sdsu-sage-tutorial/ | SDSU Sage Tutorial]]
+== Books ==
+[[http://www.gregorybard.com/sage_for_undergraduates_color.pdf.zip | Sage for Undergraduates]]
+[[https://www.packtpub.com/hardware-and-creative/sage-beginners-guide | Sage Beginner's Guide by Craig Finch]]
+== wikisage ==
+[[http://wikisage.ru/ | wikisage.ru]]
+== William Stein courses ==
+[[http://wstein.org/courses/]]

WombatWiki

Користувальницькькі налаштування

Налаштування сайту

Розбіжності

Налаштування сторінки